با الهام از لحن کمدی فیلم‌های «دانشکده پلیس»، آکادمی نینجا مجموعه‌ای از شخصیت‌های خنده‌دار را به تصویر می‌کشد که در حین تمرینات سخت، تفریح و در نهایت شکست‌های سخت در دنیای بی‌رحم هنرهای رزمی، پیوند نزدیکی با یکدیگر برقرار می‌کنند.